近年来，淮安区坚持把农村污水治理作为整治农村人居环境的重要内容、实施乡村振兴战略的重要举措，因地制宜推进农村污水治理设施建设，不断提高农村群众的生活质量，建设生态宜居的美丽乡村。
合理确定治污目标。与城市污水处理相比，由于不同的区域条件、人口密集、污水量、无严格人畜分离和排放去向等诸多因素限制，农村“老小村”“空心村”现象普遍，该区坚持短期目标与长远规划相结合，既尽力而为，又量力而行。综合考虑现阶段城乡发展趋势、财政投入能力、农民接受程度等，合理确定污水治理任务目标。以国土空间规划为依据，重点布局保留村，优先发展村及农村集中居住点；优先整治生态环境敏感、人口集聚、发展乡村旅游以及水质需改善控制单元范围内的村庄，通过试点示范不断探索，梯次推进，全面覆盖。
选择合适的治理方式。该区充分调研村镇实际情况：一是结合新农村建设，根据农房改善、人口城市化发展需求，综合考虑人口分散，聚集密度低，城镇化、空心村等导致乡村规模缩减，推进自然村合并；二是摸清主要劳动力长期外出务工底数，明确常住人口基数，对于人口流动大的村庄，污水排放量的季节性波动大，综合规划污水治理能力；三是从农村污水排放实际情况出发，统筹安排治理方式。如污水处理设施规模小、排放分散，运维困难，专业化运维管理需适当的规模化；旅游型村庄的污染物产生量随旅游旺季和淡季的变化显着波动等不同的情况，统筹安排对环境有利的处理设施，可以分散治理，也可以集中治理，还可以采用分散治理与集中治理相结合的方式。
选择科学的处理模式。该区根据本地实际情况，充分调查农村水环境质量、污水排放现状和治理需求，考虑当地经济发展水平、污水产生规模和农民生产生活习惯，综合评判农村生活污水治理的环境效益、经济效益和社会效益，对农村污水处理技术的应用进行合理优化，因地制宜地灵活应用一种或多种技术，构建科学、完善的处理模式。这就需要各地加大力度培养专业技术人才，以专业知识与技能为基础，根据农村实际条件，优先考虑绿色、高效、经济效益显着的污水处理模式加以应用，如土地渗滤净化系统、厌氧沼气池污水处理系统、人工湿地处理系统等。
建立完善的运营管理体制。该区因地制宜推进农村污水治理设施建设，对已建成污水治理设施的村镇加强运营维护管理。污水治理工程是三分建七分管，要长久地发挥污水处理设施的作用，除了前期的设计、施工满足规范要求，更重要的是建立健全完善的运营管理体制。在管理中围绕着人才、设施、技术三方面进行资源整合，确保降低成本实现最佳的统筹安排，提升污水治理设施的使用率和保护度。推出相应的规定，落实管理责任成为其中重要环节。不能出现污水治理设施无人维护或者维护不及时、出水水质较差以及后期“晒大阳”等局面。鼓励规模化、专业化、社会化建设和运行管理。有条件的地区，探索建立污水处理受益农户付费制度和多元化的运行保障机制，确保治理长效。坚持建设与运维并重，最大化发挥农村生活污水治理设施功能，确保农村生活污水处理率与达标率提升，使农村生态环境有明显改善。
推动农村生活污水实行第三方治理。该区对于农村污水治理，首先强化地方政府主体责任，制定强有力的法规与措施，确保财政资金投入力度，其次引导农民以投工投劳等方式参与设施建设、运行和管理，鼓励采用政府和社会资本合作（PPP）等方式，引导企业和金融机构积极参与，推动农村生活污水第三方治理。另外充分利用多媒体等方式进行宣传，提高全民环保意识，鼓励农户积极参与；支持和监督农村污水治理设施的运行和维护，加强对先进典型案例的宣传，发挥好典型示范作用，增强公众节水、洁水意识，增强公众保护水生态环境的责任意识。